不管怎么说，朱棣夺位是为"篡"，情形与唐太宗李世民的"玄武门之变"差不多，但朱棣给自己篡位下的定义是"靖难"。那些跟着他从北平打到南京的将佐，个个都变成了靖难功臣。朱棣夺位成功，改年号为永乐。在其执政期间，做了几件大事。如派遣太监郑和下西洋，编纂《永乐大典》等，还有一个最大的政绩，便是迁都北京。
北京在唐代之前，一直属于幽州。赵宋政权期间，辽国占据燕云十六州，北京在其内。经宋一朝，北京一直为少数民族的政权所控制。公元938年，也就是辽太宗会同二年，幽州改为南京，亦称燕京。金与宋共同灭辽后，金占据燕京，直到金海陵王贞元元年（1153）定都于此，改名中都。元世祖忽必烈先灭金，后灭宋，建立统一的元朝，分裂了数百余年的国土再度统一。忽必烈再次更名为燕京，到了至元元年（1264）又恢复中都称号。后来于此扩建皇城，改称为元大都。
元朝国祚短暂，不到一百年，但对于北京的建设，却是功不可没。有一个叫刘秉忠的汉人，既当过和尚，也当过道士，还精通《周易》，因此得到忽必烈的信任。1256年，他受命在滦河上游修建开平城。他在建城中显露的才华深得忽必烈赏识。于是在1267年刘秉忠再次被任命为元大都的营缮官，即建城总指挥。1276年，元大都建成。这一年，南宋都城临安（杭州）陷落，赵宋政权灭亡。
据张清常先生考证，刘秉忠并非纯儒，又得蒙古族皇帝信任，所以他敢突破旧制，提出独特的建城方案，当时民间都知道刘太保（秉忠）设计的章法是哪吒城。哪吒是佛教传说中的护法神之一，又称哪吒太子。刘秉忠把元大都设计成长方形。如果从高空俯瞰，会发现元大都形似三头六臂双足蹬着风火轮的哪吒形象。
洪武元年（1368）闰七月，元顺帝弃元大都逃走。八月徐达攻入城中，改大都为北平府。永乐元年（1403），朱棣改北平府为北京。
朱棣迁都北京，有两个原因。一个就是前面提到的，北方虏患不绝，建都在北京，便于就近制御。当然，西安、开封都可选择，但朱棣在北京住了二十多年，对这里有感情。而且，到了明朝，西北的少数民族如匈奴、回纥等都已式微，而东北地区的契丹、女真、鞑靼都仍存在着骚扰中原的能力，对付东北的"虏患"，北京显然比西安更具有地理优势；第二，由于"靖难"之役，朱棣在南京杀人太多。建文帝的支持者，多半是江南士族，朱棣对他们大开杀戒，因此结怨于江南。再继续呆在南京做皇帝，已经失去执政基础。因此他从取得皇位的那一天起，就有了迁都的打算。
迁都并不是一件简单的事情，一是北京经过元末的战火，毁坏严重，重建皇城，并非朝夕之事；二是初登皇位，立刻提出迁都，会让人误会他"胆怯"，而不敢在南京皇宫内号令天下；第三是出于经济上的考虑，北京定为首都，所需钱粮，还得仰仗江南，以当时的运输条件，这也是个不易克服的困难。
不过，朱棣委实不喜欢南京，从永乐七年开始，他让太子留在南京监国，自己时时跑住下来。当时的情况是南京仍作为首都，而北京则成为行在。实际上，早在永乐四年，朱棣就开始了北京的建都工作。